自从4月15日习近平主持召开中央国家安全委员会第一次会议并发表重要讲话至今，国安委已经正式运行两个多月，香港媒体《星岛日报》近日注意到，为防境外势力渗透，中央国家安全委员会下令对在华境外非政府组织(NGO)展开全面清查。
6月17日，山西省“运城市阳光农廉网”的政务公开栏目发布了《长直乡境外非政府组织和活动情况调查摸底工作方案》，方案称：“根据中央国家安全委员会统一部署，2014年5月至7月底拟对在华境外非政府组织及其活动情况开展一次全国范围的全面、彻底调查摸底，摸清底数，为下一步加强规范管理打下基础。”
长直乡境外非政府组织和活动情况调查摸底工作方案(网页截图)
方案要求，对境外NGO的调查摸底工作本着“全面铺开、深入细致、积极稳妥、务实高效”的方针，坚持“地方为主，群策群力、不留死角”的原则，对在当地开展活动的社会团体、基金会、民办非企业单位，包括协会、学会、商会、研究院(所、中心)等非政府、非营利组织以及在工商部门登记的其他经济组织的常驻代表机构等，进行深入细致的梳理排查。
方案还要求全面梳理在当地的境外非政府组织、人员、中方合作单位、项目和资金等情况，并根据其活动性质从登记管理、项目审批、资金监督、引导利用、专项整治等方面提出加强分类规范管理的建议意见。
中央国家安全委员会主席习近平
无独有偶，观察者网查询发现，近期多地已经开展境外非政府组织摸底调查工作。安徽省霍山县、福建省平和县等地发布了关于开展境外非政府组织和活动情况调查摸底工作的通知;6月5日，广西壮族自治区党委维稳办到隆林县开展境外非政府组织活动情况工作调研;6月11日，山东省枣庄市薛城区召开了全区境外非政府组织和活动调查摸底工作动员会议;而早在4月22日广东省民政厅发布了关于做好社会组织涉外活动及在粤境外非政府组织情况普查工作的通知。
不过只有山西省运城市长直乡明确提到“根据中央国家安全委员会的统一部署”。
6月11日，山东省枣庄市薛城区境外非政府组织和活动调查摸底工作动员会议在区政府会议室召开。
《中国社会科学报》在5月14日对中国人民公安大学教授王存奎一篇专访中指出，当前活跃在我国境内的境外NGO正日益成为影响中国经济、政治、文化、社会发展的一支不可忽视的力量。据不完全统计，目前在我国长期活动的境外非政府组织有1000个左右，加上开展短期合作项目的组织数量，总数可能多达4000—6000个。每年通过境外NGO组织流入我国的活动资金可达数亿美元，其活动范围涉及扶贫、助残、环保、卫生、教育等20多个领域。
这些境外NGO组织给中国带来了国际资金、先进技术和管理经验，有利于中国科技、民生、公益事业的发展进步，对促进中国非政府组织向着正规化和国际化发展发挥了积极作用，其主流是好的。同时也应看到，少数在华境外非政府组织的活动存在一些不容忽视的情况和问题。
部分境外NGO以提供资金为“诱饵”，吸引民间组织、个人为其工作，有的以项目合作、学术交流、学者访问为由，推广所谓“公民意识”教育，还有以扶贫助学、“维权”救助为借口，进行渗透活动，或者以国内民间组织为工具，以地方政府和高校为介质，获得公共权力支持，披上合法外衣。
王存奎教授认为，要客观辩证地看待境外非政府组织在华活动的作用，但在工作层面要深化对在华境外非政府组织的调查工作，建立健全管理协调工作机制，切实防范抵御西方敌对势力利用非政府组织对我国进行渗透、颠覆、破坏活动。
此前，中纪委驻中国社会科学院纪检组组长张英伟在6月10日的内部会议上，批评社科院意识形态存在四个方面的主要问题，包括穿上学术的隐身衣，制造烟幕；利用互联网炮制跨国界的歪理；每逢敏感时期，进行不法的勾连活动；接受境外势力点对点的渗透。张英伟批评社科院后，社科院副研究员高程昨天在微博透露，所内开始填表调查个别学者与海外机构，特别是非政府组织和基金会的来往和财务关系。
前天，《环球时报》发布一篇署名为“华夏”的文章，强调社科院作为党和国家的“思想库”和“智囊团”，研究成果可以直接提供给中央与政府部门决策参考，因此意识形态工作不能放松，否则轻者干扰政府决策，重者危害国家安全。文章批评，社科院“极个别学者为一己之私或其他不可告人目的，置国家民族利益于不顾，甘愿做境外势力代言人，甚至吃里扒外，充当内鬼。”
2009年7月28日，绿色和平的志愿者在北京西郊的一家火电厂拉开了“拯救气候 NO COAL”的横幅